Павел, действительно странно. Не могли бы вы прислать нам пример сообщения, вложения которого не сохраняются, вставив это сообщение в виде вложения в ваше письмо нам?
Кроме того, обязательно убедитесь, что вы используете правильную утилиту для сохранения ваших вложений. Утилита
Сохранение вложений не сохраняет вложенные элементы Outlook. И наоборот, утилита
Сохранение вложенных элементов Outlook не сохраняет обычные вложения.
Если все правильно, то посмотрите - все ли вложения одного типа? Возможно, не сохраняются вложения какого-то конкретного типа? Каково значение опции "Перезаписывать существующие файлы"?